Blick ins Buch

Nukleinsäurediagnostik im mikrobiologischen Labor

Udo Reischl, Olfert Landt, Holger F. Rabenau, Walter Geißdörfer (Autoren)

Buch | Hardcover

142 Seiten

2012 | 1., Aufl.
UNI-MED (Verlag)
978-3-8374-2254-2 (ISBN)

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Traditionell beruht der Nachweis von pathogenen Bakterien, Pilzen, aber auch der von Viren auf deren (zell)kultureller Vermehrung und anschließender Differenzierung. Mit der Verfügbarkeit von Nukleinsäure-Amplifikationsverfahren und Methoden zur sequenzspezifischen Charakterisierung der Amplifikationsprodukte eröffnen sich jedoch ganz neue Möglichkeiten für eine kulturunabhängige Erregeridentifizierung.
Der Begriff der "Nukleinsäure-Amplifikationstechniken" (NAT) umfasst mittlerweile ein breites Spektrum unterschiedlicher molekularbiologischer Methoden, die alle für den gezielten Nachweis von kleinsten Mengen an Nukleinsäuren (DNA oder RNA) entwickelt wurden. In vielen Bereichen der modernen mikrobiologischen Diagnostik erweist sich der Einsatz dieser enorm sensitiven, spezifischen und zumeist auch sehr schnellen Testsysteme bereits als ideale Ergänzung zu konventionellen Untersuchungsverfahren wie Mikroskopie und Kultur.
Die Autoren sind bei diesem Buchprojekt mit dem Ziel gestartet, nicht nur ein Lehrbuch, sondern auch ein Lesebuch über die komplexe Materie der modernen Nukleinsäurediagnostik zu verfassen. Die wertvollen Rückmeldungen aus dem Kreis der Leser werden zweifellos dazu beitragen, Folgeauflagen dieses Werkes noch etwas stärker an deren Wünsche und Bedürfnisse anzupassen.

1.Einleitung13
2.Techniken15
2.1.Nukleinsäure-Isolierung15
2.2.Nukleinsäure-Direktnachweis19
2.2.1.Nukleinsäure-Hybridisierung zum Direktnachweis von Erregern im Untersuchungsmaterial19
2.3.Nukleinsäure-Amplifikationstechniken (NAT)22
2.3.1.Polymerase-Kettenreaktion (PCR)22
2.3.2.Nested PCR24
2.3.3.Reverse Transkriptase (RT)-PCR25
2.3.4.Ligase-Kettenreaktion (LCR)25
2.3.5.NASBA, 3SR, TMA und TAS25
2.3.6.Strand Displacement Amplification (SDA)27
2.3.7.Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP)28
2.4.Nachweis von spezifischen Amplifikationsprodukten28
2.4.1.Qualitative oder quantitative Detektion?29
2.5.Real-time-PCR-Verfahren34
2.5.1.Detektionsverfahren mit Doppelstrang-spezifischen Farbstoffen (ohne Sonden)36
2.5.2.Sondenbasierte Verfahren37
2.5.3.Hydrolyse (TaqMan)-Sonden und Molecular Beacons37
2.5.4.Fluoreszenzmarkierte Primer38
2.5.5.FRET-Hybridisierungssonden39
2.5.6.Thermocycler für die real-time-PCR42
2.5.7.Diagnostische Fragestellungen46
2.6.DNA-Sequenzierung47
2.7.Next-Generation-Sequenzierung in der medizinischen Forschung48
3.Reaktionsparameter und diagnostischer Workflow52
3.1.Analytische Sensitivität von NAT-Nachweisverfahren52
3.2.Analytische Spezifität von NAT-Nachweisverfahren55
3.3.Diagnostische Sensitivität und Diagnostische Spezifität57
3.4.Positiver und Negativer Prädiktionswert57
3.5.Kriterien zur Evaluierung von eigenentwickelten NAT-Testsystemen57
3.6.Präanalytik70
3.7.Kontaminationsproblematik und Raumkonzept71
3.8.Qualitätsmanagement und externe Qualitätskontrolle74
4.Beispiele aus der mikrobiologischen Praxis für PCR-gestützte Nachweisverfahren – bakterielle Nachweise77
4.1.PCR-Verfahren zum Direktnachweis vonMethicillin-resistenten Staphylococcus aureus (MRSA)77
4.2.Pathogene Escherichia coli (EHEC, EPEC u.a.)85
4.2.1.EHEC86
4.2.2.EPEC88
4.3.Borrelia burgdorferi88
4.4.Tropheryma whipplei90
4.5.Bakterielle Erreger bei "atypischen" Pneumonien92
4.6.Chlamydia trachomatis93
4.7.Mykobakterien95
4.7.1.Erreger und klinische Manifestation95
4.7.2.Mikrobiologische Diagnostik96
4.7.3.Mykobakterien-Nachweis mittels NAT in klinischen Proben97
4.7.4.Molekularbiologische Methoden der Speziesidentifizierung98
4.7.5.NAT-basierte Resistenztestung von M. tuberculosis-Komplex99
4.8.Toxoplasma gondii100
4.9.Leishmanien102
5.Beispiele aus der mikrobiologischen Praxis für PCR-gestützte Nachweisverfahren – virale Nachweise106
5.1.Molekulare Resistenztestung106
5.2.Clarithromycin-Resistenz bei Helicobacter pylori106
6.Speziesübergreifende Nachweisverfahren – die Königsdiziplin?110
6.1.Kontaminationsproblematik112
6.2.Microarrays zur Analyse von Mischpopulationen113
7.NAT in der Virusdiagnostik – Anwendungsbereich und geeignetes Untersuchungsmaterial115
7.1.Adenoviren115
7.2.Bocavirus (BoV)116
7.3.Coronaviren116
7.4.Dengueviren116
7.5.Enteroviren (Polio, Coxsackie, ECHO)117
7.6.Epstein-Barr-Virus (EBV)117
7.7.Frühsommer-Meningoenzephalitis-Virus (FSMEV)118
7.8.Hantaviren118
7.9.Hepatitis-A-Virus (HAV)118
7.10.Hepatitis-B-Virus (HBV)119
7.11.Hepatitis-C-Virus (HCV)119
7.12.Hepatitis-D-Virus (HDV, Delta-Agens)119
7.13.Hepatitis-E-Virus (HEV)120
7.14.Herpes-simplex-Virus Typ 1 und Typ 2 (HSV-1, HSV-2)120
7.15.Humanes Herpesvirus 6 (HHV-6)121
7.16.Humanes Herpesvirus 8 (HHV-8) – Kaposi-Sarkom-assoziiertes-Herpesvirus (KSHV)121
7.17.Humanes Immundefizienzvirus, Typ 1 und 2 (HIV-1, HIV-2)122
7.18.Humanes Metapneumovirus (hMPV)122
7.19.Influenzaviren122
7.20.Masernvirus123
7.21.Molluscum-contagiosum-Virus123
7.22.Mumpsvirus123
7.23.Norovirus123
7.24.Papillomaviren (HPV)124
7.25.Parainfluenzavirus Typen 1-4124
7.26.Parvovirus B19124
7.27.Polyomaviren (JC- und BK-Virus [JCV, BKV])125
7.28.Respiratory-Syncytial-Virus (RSV)125
7.29.Rötelnvirus (Rubella)126
7.30.Rotaviren126
7.31.Varizella-Zoster-Virus (VZV)126
7.32.West-Nil-Virus (WNV)127
7.33.Zytomegalievirus (CMV)127
8.Literatur128
Index135

Sprache	deutsch
Maße	170 x 240 mm
Einbandart	gebunden
Themenwelt	Medizin / Pharmazie ► Medizinische Fachgebiete ► Laboratoriumsmedizin
ISBN-10	3-8374-2254-2 / 3837422542
ISBN-13	978-3-8374-2254-2 / 9783837422542
Zustand	Neuware