AUREMOL - Softwareprojekt zur automatischen Auswertung von multidimensionalen NMR-Spektren (eBook)
132 Seiten
GRIN Verlag
978-3-640-12198-4 (ISBN)
von multidimensionalen NMR-Spektren entwickelt. Es wurde zum einen die grasche Benutzeroberfläche erstellt, um ein möglichst komfortables
Arbeiten bei der Auswertung zu gewährleisten, zum anderen wurden neue
Methoden zur automatischen Auswertung entwickelt. In AUREMOL wurde ein neuer
molekülorientierter Ansatz implementiert, der darauf basiert, dass unter Verwendung von a priori Wissen und einer möglichst guten Vorhersage der Molekülstruktur NMRParameter vorhergesagt werden, die als Leitfaden bei der Auswertung der experimentellen NMR-Spektren dienen. Dazu wurde die Simulation von NOESY-Spektren verbessert, die in diesem Zusammenhang eine wichtige Rolle spielt. Die Berechnung der Linienbreiten der NOE-Signale und der Ein
uss der Anisotropie der chemischen Verschiebung und der
skalaren Kopplung wurden implementiert. Zwei neue Methoden zur automatischen NOE-Zuordnung bzw. zur Bestimmung fehlender Zuordnungen wurden entwickelt. Der Algorithmus KNOWNOE ermittelt automatisch Proteinstrukturen, falls die sequentielle Zuordnung der Resonanzen bekannt ist. Dabei werden mit Hilfe eines statistischen Verfahrens die Signale der experimentellen 2D- und 3D-NOESY-Spektren automatisch zugeordnet. Die Struktur des Kälteschock-Proteins
TmCsp wurde von KNOWNOE ermittelt. Die Qualität der automatisch bestimmten
Struktur ist von vergleichbarer Qualität wie die manuell bestimmte Struktur, wie die berechneten R-Faktoren zeigen, die in allen Fällen bei etwa 0; 35 liegen. Das zweite Verfahren ermittelt anhand der partiellen sequentiellen Zuordnung und der Strukturinformation fehlende chemische Verschiebungen in den NOESY-Spektren. Dabei wird ein 2-Stufen Optimierungsalgorithmus eingesetzt, der auf einem Vergleich von simulierten und experimentellen NOESY-Spektren beruht. Anders als bei KNOWNOE werden keine Kreuzsignale zugeordnet, sondern fehlende chemische Verschiebungen (Resonanzlinien) bestimmt. Der Algorithmus benötigt im Falle künstlicher Datensätze eine 30%-ige partielle Zuordnung, um mehr als 90% aller chemischen Resonanzlinien zuzuordnen. Die Methode ist robust gegen Rauschen, Artefaktsignale und fehlende Kreuzsignale in den NOESY-Spektren. Ergebnisse mit einem experimentellen 2D-NOESY-Spektrum der HPr Mutante H15A zeigen, dass auch bei realen Datensätzen fehlende chemische Verschiebungen korrekt bestimmt werden können.
Erscheint lt. Verlag | 29.7.2008 |
---|---|
Verlagsort | München |
Sprache | deutsch |
Themenwelt | Medizin / Pharmazie ► Allgemeines / Lexika |
Technik | |
Schlagworte | auremol • Auswertung • nmr_spektren • NMR-Spektren • Softwareprojekt |
ISBN-10 | 3-640-12198-8 / 3640121988 |
ISBN-13 | 978-3-640-12198-4 / 9783640121984 |
Haben Sie eine Frage zum Produkt? |
Größe: 4,1 MB
Kopierschutz: Adobe-DRM
Adobe-DRM ist ein Kopierschutz, der das eBook vor Mißbrauch schützen soll. Dabei wird das eBook bereits beim Download auf Ihre persönliche Adobe-ID autorisiert. Lesen können Sie das eBook dann nur auf den Geräten, welche ebenfalls auf Ihre Adobe-ID registriert sind.
Details zum Adobe-DRM
Dateiformat: EPUB (Electronic Publication)
EPUB ist ein offener Standard für eBooks und eignet sich besonders zur Darstellung von Belletristik und Sachbüchern. Der Fließtext wird dynamisch an die Display- und Schriftgröße angepasst. Auch für mobile Lesegeräte ist EPUB daher gut geeignet.
Systemvoraussetzungen:
PC/Mac: Mit einem PC oder Mac können Sie dieses eBook lesen. Sie benötigen eine
eReader: Dieses eBook kann mit (fast) allen eBook-Readern gelesen werden. Mit dem amazon-Kindle ist es aber nicht kompatibel.
Smartphone/Tablet: Egal ob Apple oder Android, dieses eBook können Sie lesen. Sie benötigen eine
Geräteliste und zusätzliche Hinweise
Buying eBooks from abroad
For tax law reasons we can sell eBooks just within Germany and Switzerland. Regrettably we cannot fulfill eBook-orders from other countries.
Größe: 2,1 MB
Digital Rights Management: ohne DRM
Dieses eBook enthält kein DRM oder Kopierschutz. Eine Weitergabe an Dritte ist jedoch rechtlich nicht zulässig, weil Sie beim Kauf nur die Rechte an der persönlichen Nutzung erwerben.
Dateiformat: PDF (Portable Document Format)
Mit einem festen Seitenlayout eignet sich die PDF besonders für Fachbücher mit Spalten, Tabellen und Abbildungen. Eine PDF kann auf fast allen Geräten angezeigt werden, ist aber für kleine Displays (Smartphone, eReader) nur eingeschränkt geeignet.
Systemvoraussetzungen:
PC/Mac: Mit einem PC oder Mac können Sie dieses eBook lesen. Sie benötigen dafür einen PDF-Viewer - z.B. den Adobe Reader oder Adobe Digital Editions.
eReader: Dieses eBook kann mit (fast) allen eBook-Readern gelesen werden. Mit dem amazon-Kindle ist es aber nicht kompatibel.
Smartphone/Tablet: Egal ob Apple oder Android, dieses eBook können Sie lesen. Sie benötigen dafür einen PDF-Viewer - z.B. die kostenlose Adobe Digital Editions-App.
Buying eBooks from abroad
For tax law reasons we can sell eBooks just within Germany and Switzerland. Regrettably we cannot fulfill eBook-orders from other countries.
aus dem Bereich