Computational Strategies Towards Improved Protein Function Prophecy of Xylanases from Thermomyces lanuginosus (eBook)

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2012 | 2012
VII, 44 Seiten
Springer New York (Verlag)
978-1-4614-4723-8 (ISBN)

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Computational Strategies Towards Improved Protein Function Prophecy of Xylanases from Thermomyces lanuginosus - MVK Karthik, Pratyoosh Shukla
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This Brief reports on the interplay of an amino-acid mutation towards substrate which could lead to enhanced effects on mutant. These effects need  to  be given consideration in  the  engineering  processes of protein stability and further exploration of such learning are required to provide novel indication for selection of an enzymes.  There  are  very  few  reports  showing  such  stable,  energy  efficient  model  towards  improved  protein function prediction screening in-silico structure based mutagenesis of xylanases from Thermomyces lanuginosus​
This Brief reports on the interplay of an amino-acid mutation towards substrate which could lead to enhanced effects on mutant. These effects need to be given consideration in the engineering processes of protein stability and further exploration of such learning are required to provide novel indication for selection of an enzymes. There are very few reports showing such stable, energy efficient model towards improved protein function prediction screening in-silico structure based mutagenesis of xylanases from Thermomyces lanuginosus?

Introduction.- Material and Methods.- Selection of sequences, 3D structures and multiple sequence alignment.-  Mutant generation.- Energy minimization.- Stereo-chemical quality check and analysis of non-bonded interactions.- Protein-protein docking.- InterProScan.- Identification of functionally important regions of wild type viz. Endo-1, 4-beta xylanases (1YNA).- 3d2GO server: From protein 3D structure to Gene Ontology (GO) term.-   Results and discussions.- Conclusion.

Erscheint lt. Verlag 13.7.2012
Reihe/Serie SpringerBriefs in Systems Biology
SpringerBriefs in Systems Biology
Zusatzinfo VII, 44 p. 12 illus. in color.
Verlagsort New York
Sprache englisch
Themenwelt Mathematik / Informatik Informatik Theorie / Studium
Naturwissenschaften Biologie Biochemie
Naturwissenschaften Biologie Genetik / Molekularbiologie
Technik
Schlagworte Bioinformatics • enzymes • protein prediction
ISBN-10 1-4614-4723-2 / 1461447232
ISBN-13 978-1-4614-4723-8 / 9781461447238
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