Datierung und Ursprünge der Besiedlung des nordamerikanischen Kontinents bleiben eine der großen Forschungsfragen. Archäologen streiten, welche der ständig neuen Funde nicht verunreinigt sind, Linguisten schlagen widersprüchliche Theorien vor, Anthropologen führen unterschiedliche Daten an. Auch Genetik oder Untersuchungen des Radiokarbongehalts konnten die Frage nicht zweifelsfrei klären bzw. kamen zu wieder anderen Schlüssen. Indianische Gruppen haben wiederum andere Vorstellungen und wehren sich teils gegen kolonisierende, angeblich wissenschaftliche Erkenntnisse, die auch sie zu Einwanderern in Nordamerika machen und ihnen damit ihren speziellen Status absprechen. Das Einzige, was sich sicher sagen lässt, ist, dass wir vieles nicht wissen und vermutlich vieles auch nie wissen werden.

Laut den neuesten Theorien wanderten die Vorfahren der heutigen Indianer 14.000 bis 11.000 v. Chr. nach Nordamerika, wenn Forscher auch vereinzelt von 50.000 bis 25.000 v. Chr. sprechen. Schon lange geht man davon aus, dass die ersten «Indianer» mit Hilfe einer zwischen neunzig und tausend Kilometer breiten Landbrücke über die Beringstraße aus Nordsibirien ins heutige Alaska kamen. Diese Brücke (Beringia) bestand aufgrund des abgesenkten Meeresspiegels während der Eiszeit als zumindest enger Isthmus von ca. 30.000/25.000 bis 11.000 v. Chr. Alternativ wird neuerdings das etappenweise Übersetzen in kleinen Booten an den Rändern von Gletschern und von Insel zu Insel vorgeschlagen. In jedem Fall folgten die Menschen ihrer Jagdbeute, d.h. Mammuts, Moschusochsen, Urpferden, Karibus, Bisons und Urelefanten oder Mastodonen, wobei es in Beringia erst ab ca. 14.000 v. Chr. größere Tiere gegeben haben dürfte.

Mittlerweile gehen viele Forscher von einem längeren Aufenthalt in Beringia aus. Menschen aus Nordostasien und Eurasien wanderten wohl ab 30.000 v. Chr. in möglicherweise mehreren Wellen zuerst in den westlichen Teil von Beringia und lebten dort ab ca. 23.000/21.000 v. Chr. bis ca. 15.000 v. Chr. relativ isoliert. Während dieser Zeit mutierte die DNA dieser Bevölkerung und entwickelte sich in verschiedene Varianten. Wenn man sich auf die statistisch noch nicht verlässliche Zahl von zwei ca. 13.000 Jahre alten Skeletten verlassen will, die in den letzten Jahren in den heutigen USA bzw. Mexiko gefunden wurden, entspräche die DNA dieser beiden Paläoamerikaner den genetischen Spezifika der heutigen Indianer.

Möglicherweise 14.000 v. Chr., eventuell auch schon früher, wanderten die ersten Menschen entlang der Küste von Beringia ins heutige Alaska. Sicher nicht mehr als 5000 Menschen bewegten sich potenziell in kleinen, mobilen Gruppen in Booten entlang der pazifischen Küste nach Süden. Da die Küsten früher bis zu hundert Kilometer weiter landauswärts lagen und eventuelle Lager- oder Wohnstätten der frühen Siedler damit heute im Schlamm am Meeresgrund liegen, gibt es jedoch nur wenig Beweise für diese Hypothese. Teilweise wanderten die Paläoamerikaner auch landeinwärts, so in Oregon. Eine größere Migration erfolgte tausend Jahre später und erreichte spätestens 12.000 v. Chr. Chile. Migrationsströme bewegten sich 12.000 bis 11.000 v. Chr. auch innerhalb des amerikanischen Kontinents über einen eisfreien Korridor in der Mitte des Kontinents.

Viele Wissenschaftler glauben, dass dieser ersten Migrationswelle der «AmerInd» zwei weitere folgten, die der Na-Dené oder Athabasken (10.000 oder 7000 v. Chr.) aus dem nordöstlichen Asien, die in den Nordwesten zogen, und die der Aleut-Eskimo-Gruppen (2500 bis 2000 v. Chr.)[6] aus Sibirien. Die Vielfalt indianischer Sprachgruppen spricht für die These multipler Migrationsströme, von denen der erste vielleicht nicht zur permanenten Besiedlung Nordamerikas führte, was die spärlichen Funde erklären könnte. Basierend auf Funden u.a. in Mexiko, besagt die neueste Theorie allerdings, dass es nur eine Ursprungsgruppe gab, die sich erst in Nordamerika auseinanderentwickelte. Die These mehrerer Migrationswellen, auch über Wasser, stünde ebenfalls im Einklang mit indianischen Schöpfungserzählungen, die oft von Wasser und haarigen Monstern (möglicherweise Mammuts) berichten oder Migrationen in Form verschiedener Stadien der Erschaffung andeuten.

Was den Ursprung der Bevölkerung Nordamerikas angeht, so weisen genetische, archäologische, biologische und linguistische Untersuchungen auf Ähnlichkeiten zu den Bewohnern (Nordost)Asiens hin. Waffenfunde legen potenziell eine Ähnlichkeit zu Kulturen in Japan und Korea nahe. Der Spirit Cave Man, der ca. 8400 v. Chr. lebte und seit den 1990er Jahren genauer untersucht wurde, weist Ähnlichkeiten mit den Ainu im modernen Japan auf, ist aber am nächsten verwandt mit heutigen Indianern. Auch die Buhl Woman aus Idaho, die ca. 9000 v. Chr. lebte, erhärtet die These einer Abkunft von Nordostasiaten und Eurasiern. Die Pioniere der Besiedlung waren nach Rekonstruktionen relativ große, kräftige Männer und sehr viel kleinere Frauen. Einige Linguisten postulieren, dass die Na-Dené-Sprachen chinesisch-tibetischen Sprachen ähneln, Inuktitut, die Sprache der Eskimos/Inupiat und Inuit, eher kaukasischen bzw. indoeuropäischen Sprachen.

Eine angebliche Ähnlichkeit zu Kaukasiern ist weitestgehend ad acta gelegt. Der Kennewick Man, gefunden 1996 im Staat Washington und ca. 9000 Jahre alt, erschien ersten Forschern des Innenministeriums kaukasoid. Daher glaubten viele Journalisten, dass sie nun einen Vorfahren der Europäer in Nordamerika nachweisen könnten, der beweise, dass Europäer vor den Indianern in Nordamerika gewesen und von den Vorfahren der Indianer ausgerottet worden seien. Das Ingenieurkorps des Heeres, das für das öffentliche Land, auf dem man das Skelett gefunden hatte, verantwortlich war, füllte 1998 die Ausgrabungsstätte, so dass keine weiteren Artefakte oder Skelette geborgen werden konnten. Die Motive sind bis heute unklar, vermutlich wollte man Streitigkeiten mit indigenen Gruppen oder die Entdeckung von Atommüll vermeiden.

Ein großer Streit entzündete sich daran, ob das Skelett des Kennewick Man, von Indianern «The Ancient One» genannt, direkt an eine Koalition aus Indianergruppen der Region übergeben werden müsse, um wieder begraben zu werden. Einige Wissenschaftler klagten dagegen, weil sie dies als eine Verletzung ihrer Bürgerrechte als Forscher betrachteten und weil die kaukasoide Skelettähnlichkeit eine Behandlung nach dem indigenen Grabschutz- und Rückgabegesetz verbiete. Ein Gericht entschied 2004, dass eine genetische Abstammung der klagenden Indianergruppen vom Skelett nicht bewiesen werden könne, und erlaubte eine wissenschaftliche Untersuchung. Diese ergab vor kurzem, dass der Kennewick Man hauptsächlich von Fisch lebte und vom Skelett her zwar den Vorfahren der Ainu oder Polynesier (genauer den Moriori östlich von Neuseeland) ähnelt, genetisch aber eng verwandt ist mit den Colville-Indianern in der Nähe seines Fundortes; diese begruben das Skelett Anfang 2017. Einige wenige Forscher behaupten weiterhin, dass Pfeilspitzen und Begräbnispraktiken sowie die Haplogruppe X im Genom an Europäer erinnerten, insbesondere aus dem Gebiet des heutigen Frankreich und Spanien.

Nachweisbar ist menschliche Besiedlung für das sog. Paläoindianische Zeitalter 14.000 bis 10.000/8000 v. Chr. Funde in Oregon und Texas legen nahe (u.a. Debra L. Friedkin Site), dass es bereits 12.000 v. Chr. bzw. 13.500 v. Chr. jagende und sammelnde Menschen gab, die auch im Boden nach Wurzeln gruben. Im westlichen Montana wurde ebenfalls ein Skelett auf 13.500 v. Chr. datiert.

Das Paläoindianische Zeitalter wird nach den Fundorten in verschiedene Phasen eingeteilt. Die Clovis-Kultur, 11.500 bis 9500 v. Chr., stellte die erste durchgängige Besiedlung Nordamerikas dar. Sie ist benannt nach Clovis, New Mexico, wo eine bestimmte Art von – sehr effizienten – Speerspitzen erstmals gefunden wurde. Großwildjäger suchten nach Mammuts, Elefantiden und Altbisons, die sie mit Messer, Speer oder Wurfspeer, dem sog. Atlatl, töteten. Die Clovis-Speerspitzen finden sich in vielen Regionen der USA. Sie hatten, meist beidseitig, in der Mitte eine Rinne, durch die das Blut der Jagdbeute abfließen und wo ein Schaft befestigt werden konnte, wodurch der Speer besser in der Beute steckenblieb. Sie bestanden aus Gestein mit scharfen Bruchkanten, das teilweise wohl gehandelt wurde. Die Jäger und Sammler lebten in kleinen Gruppen von vermutlich nicht mehr als 25 Menschen, hatten aber Kontakt zu benachbarten Gruppen. Die Kultur ...