Java für die Life Sciences

Lernen Sie grundlegende Java-Techniken, die für die Auswertung von Biodaten benötigt werden

• Eine Einführung für Biowissenschaftler mit Programmiererfahrung
• Bietet biologische Hintergrundinformationen, soweit sie zum Verständnis des Problems hilfreich sind
• Mit zahlreichen Übungsaufgaben und Codebeispielen

Diese Einführung in die Bioinformatik mit Java vermittelt Ihnen grundlegende Java-Techniken, die für die Analyse von Biodaten benötigt werden.

Das Buch richtet sich an Studenten, Wissenschaftler und Praktiker in den Life Sciences, die Grundkenntnisse einer höheren Programmiersprache mitbringen. Es bietet Ihnen einen schnellen Einstieg in Themen wie Data und Text Mining, Datenverarbeitung, Sequenz-, Bild- und Netzwerkanalysen und Strukturbiologie - Kernthemen der Programmierung in den Life Sciences. Genutzt werden dabei verbreitete Open-Source-Bibliotheken wie Maven, Eclipse oder Git.

Beispiele aus der Bioinformatik zeigen Ihnen alle notwendigen Schritte, um in kurzer Zeit Ergebnisse mit Java zu erzielen. Biologische Zusammenhänge werden immer dann beschrieben, wenn sie zum Verständnis des Problems hilfreich sind. Anhand der zahlreichen Codebeispiele und Übungsaufgaben lernen Sie, Ihre eigenen, gut durchdachten Softwarelösungen zu schreiben.

Themen:

• Die Java-Arbeitsumgebung: Installation und Einrichten von JDK, Eclipse, Git und Maven
• Java zum Auffrischen: Programmierkonzepte wie Variablen, Arrays und Schleifen sowie objektorientiertes Programmieren
• Data Engineering: Workflows für den Data Lifecycle, die Arbeit mit XML, JSON, SQL, API-Schnittstellen und BASH
• Data Mining: Methoden der Klassifizierung und des Clusterings wie Binning, Hashing, statistische Modelle und K-Means
• Netzwerkanalyse: Einführung in die Bibliothek JGraphT, Graphen als Methode zur Darstellung biologischer Prozesse
• Bildverarbeitung: die Arbeit mit ImageJ für Partikelanalyse, Objektklassifizierung und Farbanalyse
• Sequenzanalyse: die Bibliothek BioJava, Sequence Alignment, BLAST und Next-Generation Sequencing