Regulatory Genome -  Eric H. Davidson

Regulatory Genome (eBook)

Gene Regulatory Networks In Development And Evolution
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2010 | 1. Auflage
304 Seiten
Elsevier Science (Verlag)
978-0-08-045557-0 (ISBN)
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Gene regulatory networks are the most complex, extensive control systems found in nature. The interaction between biology and evolution has been the subject of great interest in recent years. The author, Eric Davidson, has been instrumental in elucidating this relationship. He is a world renowned scientist and a major contributor to the field of developmental biology.
The Regulatory Genome beautifully explains the control of animal development in terms of structure/function relations of inherited regulatory DNA sequence, and the emergent properties of the gene regulatory networks composed of these sequences. New insights into the mechanisms of body plan evolution are derived from considerations of the consequences of change in developmental gene regulatory networks. Examples of crucial evidence underscore each major concept. The clear writing style explains regulatory causality without requiring a sophisticated background in descriptive developmental biology. This unique text supersedes anything currently available in the market.
* The only book in the market that is solely devoted to the genomic regulatory code for animal development
* Written at a conceptual level, including many novel synthetic concepts that ultimately simplify understanding
* Presents a comprehensive treatment of molecular control elements that determine the function of genes
* Provides a comparative treatment of development, based on principles rather than description of developmental processes
* Considers the evolutionary processes in terms of the structural properties of gene regulatory networks
* Includes 42 full-color descriptive figures and diagrams

Isabelle S. Peter is Assistant Research Professor and Eric H. Davidson is Norman Chandler Professor of Cell Biology in the Division of Biology and Biological Engineering at the California Institute of Technology, Pasadena, California. Over the last seven years they have co-authored a series of works on experimental, conceptual and computational analyses of developmental gene regulatory networks, including their evolutionary significance. The discussions and conceptual explorations occasioned by this collaboration produced the new synthetic views encompassed in this book, building on decades of earlier work summarized in the 2001 and 2006 Academic Press books by Eric H. Davidson.
Gene regulatory networks are the most complex, extensive control systems found in nature. The interaction between biology and evolution has been the subject of great interest in recent years. The author, Eric Davidson, has been instrumental in elucidating this relationship. He is a world renowned scientist and a major contributor to the field of developmental biology. The Regulatory Genome beautifully explains the control of animal development in terms of structure/function relations of inherited regulatory DNA sequence, and the emergent properties of the gene regulatory networks composed of these sequences. New insights into the mechanisms of body plan evolution are derived from considerations of the consequences of change in developmental gene regulatory networks. Examples of crucial evidence underscore each major concept. The clear writing style explains regulatory causality without requiring a sophisticated background in descriptive developmental biology. This unique text supersedes anything currently available in the market. The only book in the market that is solely devoted to the genomic regulatory code for animal development Written at a conceptual level, including many novel synthetic concepts that ultimately simplify understanding Presents a comprehensive treatment of molecular control elements that determine the function of genes Provides a comparative treatment of development, based on principles rather than description of developmental processes Considers the evolutionary processes in terms of the structural properties of gene regulatory networks Includes 42 full-color descriptive figures and diagrams

Front cover 1
Title page 4
Copyright page 5
Table of contents 6
Preface 10
1 The "Regulatory Genome" for Animal Development 14
THE FRAMEWORK 14
THE REGULATORY APPARATUS ENCODED IN THE DNA 16
THE REGULATORY DEMANDS OF DEVELOPMENT 29
EVOLUTION, DEVELOPMENT, AND THE REGULATORY GENOME 40
2 cis-Regulatory Modules, and the Structure/Function Basis of Regulatory Logic 44
GENERAL OPERATING PRINCIPLES 44
MODULARITY, A GENERAL PROPERTY OF GENOMIC REGULATORY CONTROL UNITS 46
INSIDE THE cis-REGULATORY MODULE: LOGIC PROCESSING AND INPUT/OUTPUT RELATIONS 60
cis-REGULATORY DESIGN 74
CONTROL BY SEQUENCE-SPECIFIC INTERACTIONS AMONG DISTANT cis-REGULATORY ELEMENTS 91
3 Development as a Process of Regulatory State Specification 100
DEVELOPMENTAL PROCESSES OF THE PREGASTRULAR EMBRYO 100
COMPARATIVE VIEW OF EMBRYONIC PROCESSES, AND THE ORGANIZATION OF THE UNDERLYING GENE 115
REGULATORY STATE AND NETWORK CIRCUITRY IN BUILDING ADULT BODY PARTS 127
BODY PLAN DEVELOPMENT AND THE ORGANISM 135
4 Gene Regulatory Networks for Development: What They Are, How They Work, and What They Mean 138
GENERAL STRUCTURAL PROPERTIES OF DEVELOPMENTAL GENE REGULATORY NETWORKS 139
GENE REGULATORY NETWORKS FOR EMBRYONIC DEVELOPMENT 157
NETWORKS THAT CONTROL CONSTRUCTION OF COMPONENTS OF ADULT BODY PARTS 188
CONCLUDING REMARKS 197
5 Gene Regulatory Networks: The Roots of Causality and Diversity in Animal Evolution 200
EVOLUTIONARY IMPLICATIONS OF THE STRUCTURE AND FUNCTION OF GENE REGULATORY NETWORKS 201
BILATERIAN KERNELS, PREDICTED AND REAL 209
SUBPHYLETIC EVOLUTION OF BILATERIAN BODY PLANS: box GENES AS SOURCES OF LABILE NETWORK INPUT/OUTPUT SWITCHES 236
METAZOAN ORIGINS AND GENE NETWORKS BEFORE KERNELS 248
References 254
Figure Citations 288
Index 292

Erscheint lt. Verlag 19.7.2010
Sprache englisch
Themenwelt Sachbuch/Ratgeber
Naturwissenschaften Biologie Evolution
Naturwissenschaften Biologie Genetik / Molekularbiologie
Technik
ISBN-10 0-08-045557-3 / 0080455573
ISBN-13 978-0-08-045557-0 / 9780080455570
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