This exciting new arena applies mathematical modeling and engineering methods to the study of biological systems. This book is the first of its kind to focus on the newly emerging field of systems biology with an emphasis on computational approaches. The work covers new concepts, methods for information storage, mining and knowledge extraction, reverse engineering of gene and metabolic networks, as well as modelling and simulation of multi-cellular systems. Central themes include strategies for predicting biological properties and methods for elucidating structure-function relationships.
Systems Biology is concerned with the quantitative study of complex biosystems at the molecular, cellular, tissue, and systems scales. Its focus is on the function of the system as a whole, rather than on individual parts. This exciting new arena applies mathematical modeling and engineering methods to the study of biological systems. This book is the first of its kind to focus on the newly emerging field of systems biology with an emphasis on computational approaches. The work covers new concepts, methods for information storage, mining and knowledge extraction, reverse engineering of gene and metabolic networks, as well as modelling and simulation of multi-cellular systems. Central themes include strategies for predicting biological properties and methods for elucidating structure-function relationships.
Front cover 1
Title page 4
Copyright page 5
Table of contents 8
Preface 10
1. Introducing Computational Systems Biology 12
2. Databases for Systems Biology 26
3. Natural Language Processing and Ontology-enhanced Biomedical Literature Mining for Systems Biology 50
4. Integrated Imaging Informatics 68
5. Simpathica: A Computational Systems Biology Tool within the Valis Bioinformatics Environment 90
6. Standards, Platforms, and Applications 114
7. Introduction to Computational Models of Biochemical Reaction Networks 138
8. Biological Foundations of Signal Transduction and the Systems Biology Perspective 160
9. Reconstruction of Metabolic Network from Genome Information and Its Structural and Functional Analysis 180
10. Integrated Regulatory and Metabolic Models 202
11. Gene Networks: Estimation, Modeling, and Simulation 216
12. A Discrete Approach to Top-Down Modeling of Biochemical Networks 240
13. Computational Models for Circadian Rhythms: Deterministic Versus Stochastic Approaches 260
14. Multistability and Multicellularity: Cell Fates as High-dimensional Attractors of Gene Regulatory Networks 304
15. Spatio-Temporal Systems Biology 338
16. Cytomics—from Cell States to Predictive Medicine 374
17. The IUPS Physiome Project: Progress and Plans 394
Index 406
| Erscheint lt. Verlag | 10.11.2005 |
|---|---|
| Sprache | englisch |
| Themenwelt | Sachbuch/Ratgeber |
| Mathematik / Informatik ► Informatik ► Theorie / Studium | |
| Medizin / Pharmazie ► Allgemeines / Lexika | |
| Naturwissenschaften ► Biologie ► Biochemie | |
| Naturwissenschaften ► Physik / Astronomie ► Angewandte Physik | |
| Technik | |
| ISBN-10 | 0-08-045934-X / 008045934X |
| ISBN-13 | 978-0-08-045934-9 / 9780080459349 |
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