Protein Homology Detection Through Alignment of Markov Random Fields - Jinbo Xu, Sheng Wang, Jianzhu Ma

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Protein Homology Detection Through Alignment of Markov Random Fields (eBook)

Using MRFalign

Jinbo Xu, Sheng Wang, Jianzhu Ma (Autoren)

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2015 | 2015
VIII, 51 Seiten
Springer International Publishing (Verlag)
978-3-319-14914-1 (ISBN)

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This work covers sequence-based protein homology detection, a fundamental and challenging bioinformatics problem with a variety of real-world applications. The text first surveys a few popular homology detection methods, such as Position-Specific Scoring Matrix (PSSM) and Hidden Markov Model (HMM) based methods, and then describes a novel Markov Random Fields (MRF) based method developed by the authors. MRF-based methods are much more sensitive than HMM- and PSSM-based methods for remote homolog detection and fold recognition, as MRFs can model long-range residue-residue interaction. The text also describes the installation, usage and result interpretation of programs implementing the MRF-based method.

IntroductionMethodSoftwareExperiments and ResultsConclusion

Erscheint lt. Verlag	22.1.2015
Reihe/Serie	SpringerBriefs in Computer Science
Reihe/Serie	SpringerBriefs in Computer Science
Zusatzinfo	VIII, 51 p. 13 illus., 1 illus. in color.
Verlagsort	Cham
Sprache	englisch
Themenwelt	Mathematik / Informatik ► Informatik
	Medizin / Pharmazie ► Allgemeines / Lexika
	Naturwissenschaften ► Biologie
	Technik
Schlagworte	Hidden Markov Model • Long-Range Residue Interaction • Markov Random Fields • Position-Specific Scoring Matrix • Protein Homology Detection
ISBN-10	3-319-14914-8 / 3319149148
ISBN-13	978-3-319-14914-1 / 9783319149141

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Größe: 2,7 MB

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