High-Performance Computational Solutions in Protein Bioinformatics - Dariusz Mrozek

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High-Performance Computational Solutions in Protein Bioinformatics (eBook)

Dariusz Mrozek (Autor)

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2014 | 2014
XIX, 109 Seiten
Springer International Publishing (Verlag)
978-3-319-06971-5 (ISBN)

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Recent developments in computer science enable algorithms previously perceived as too time-consuming to now be efficiently used for applications in bioinformatics and life sciences. This work focuses on proteins and their structures, protein structure similarity searching at main representation levels and various techniques that can be used to accelerate similarity searches. Divided into four parts, the first part provides a formal model of 3D protein structures for functional genomics, comparative bioinformatics and molecular modeling. The second part focuses on the use of multithreading for efficient approximate searching on protein secondary structures. The third and fourth parts concentrate on finding 3D protein structure similarities with the support of GPUs and cloud computing. Parts three and four both describe the acceleration of different methods. The text will be of interest to researchers and software developers working in the field of structural bioinformatics and biomedical databases.

Formal Model of 3D Protein Structures for Functional Genomics, Comparative Bioinformatics, and Molecular ModelingMultithreaded PSS-SQL for Searching Databases of Secondary StructuresGPU and CUDA for 3D Protein Structure Similarity SearchingCloud Computing for 3D Protein Structure AlignmentGeneral Discussion and Concluding Remarks

Erscheint lt. Verlag	4.6.2014
Reihe/Serie	SpringerBriefs in Computer Science
Reihe/Serie	SpringerBriefs in Computer Science
Zusatzinfo	XIX, 109 p. 56 illus., 21 illus. in color.
Verlagsort	Cham
Sprache	englisch
Themenwelt	Mathematik / Informatik ► Informatik
	Mathematik / Informatik ► Mathematik
	Studium ► 1. Studienabschnitt (Vorklinik) ► Biochemie / Molekularbiologie
	Studium ► 2. Studienabschnitt (Klinik) ► Humangenetik
	Naturwissenschaften ► Biologie
	Technik
Schlagworte	Amino Acid Sequence • Bioinformatics • Cloud Computing • GPU, CUDA • Multi-agent Systems • Multithreaded Processing • Parallel Processing • proteins • Protein Structure
ISBN-10	3-319-06971-3 / 3319069713
ISBN-13	978-3-319-06971-5 / 9783319069715

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