Gastroenterology and Hepatology

Dr.Gourdas Choudhuri, MD (Medicine), DM(Gastroenterology), FACG, FAMS, FICP, FRCP, Chairman and Head, Department of Gastroenterology and Hepato-biliary Sciences, Fortis Memorial Research Institute, Gurgaon, Haryana, India Dr. A. C. Anand MD (Medicine), DM (Gastroenterology), FICP, FSGEI, FRCP(London), FRCP (Edinburg), FACP, FACG, FAMS, Professor and Head, Department of Gastroenterology & Hepatology Kalinga Institute of Medical Sciences, Bhubaneshwar, India Dr Piramanayagam P,  MD (Medicine), DM Gastroenterolgy), Consultant, Department of Gastroenterology, Apollo Hospitals 21, Greams Lane, Off Greams Road Chennai, India

Section 1. Esophagus


             A. Anatomy /Histology/Embryology1. Lower Esophageal Sphincter    2. Barret’s esophagus3. Webs, rings, diverticulae in esophagus4. Cross sectional anatomy of esophagus: Tumor staging5. Esophagus in portal hypertension 6. Tracheosophageal fistula            B. Physiology                   7. Acid clearance mechanism and defects in GERD                   8. TLESR                   9. Neurophysiological basis of esophageal peristalsis [normal manometry values            C. Genetics                 10. Genetic polymorphisms in GERD                  11.Biomarkers in Barret’s esophagus            D. Pathology                  12. Pathogenesis of achalasia cardia                   13. Eosinophilic esophagitis: histopathology difference from reflux esophagitis            E. Pharmacology                  14. Drugs acting on the LES                  


Section 2.  Stomach


A.  Anatomy and physiology1. Cross sectional anatomy of stomach2. Innervationof stomach- Types of vagotomy3. Post GJ/gastrectomy anatomy4. Parietal cell and the proton pump5. Chief cell6. Enterochromaffin cells in stomach7. Fundic gland: histology8. Pyloric glands: histology9. Gastric pacemaker10. Blood supply –Arterial, venous supply of stomach and GE junction11. Lymphatic drainage of stomach12. Gastric volvulus13. Intestinal metaplasia and atrophic gastritis14. Gastric bed/ Lesser sac/Foramen of WinslowB. Physiology                   15. Gastric mucosal defense and its breakdown in peptic ulcer                   16. Gastric proton pump                    17. Neurohormonal control of gastric acid secretion                   18. Gastric motility- Difference in fundus and body motility                   19. Leptin                   20. Motilin                   21. Physiological basis of breath tests for H.PyloriC. Genetics                    22. H.Pylori virulence factors-cag, vac genes                    23.Host genetic polymorphisms and outcome of H.Pylori infection                    24. Host genetic polymorphisms and response to PPI                    25.  c-kit mutation and response to therapy in GIST          D.Pathology                    26. Molecular pathogenesis of gastric cancer [Corea’s hypothesis]                     27.Pathogenesis of H.pylori associated gastric lymphoma                    28. NSAID associated gastric mucosal injury                    29. Autoimmune  gastritis                    30. Granolomatosis  gastritis          E. Microbiology                    31. H.Pylori- structure, stains for H.pylori          F. Pharmacology                    32. PPI/ H2 blockers                    33. Dopamine antagonists                    34. Serotonin antagonists                    


   Section 3. Small intestine


   A. Anatomy/ Histology/Embryology1. Development of small intestine and malrotation2. Meckel’s diverticulum3. Neural plexuses: Meissner’s/Aeurbach’s plexus4. Villous anatomy5. Microvilli6. Intraepithelial lymphocyte7. Brunner’s gland 8. M cells9. Paneth cells10. Zona occludens11. Toll like receptors12. Intestinal stem cells              B.Physiology                     13. MMC                     14.Intestinal  Pacemaker                     15.Intestinal Permeability                     16.Small Bowel Permeability (SIP)                     17. Mucosal Defence                     18. Immunoglobulin A                     19. Defensins                     20. Enterokinase                     21. Cholecystokinin                     22. Secretin23.Incretins24.  Peptide YY- ileal brake25. Brain gut axis              C.Biochemistry                       26. Carbohydrate digestion                       27. Protein digestion                      28. Lipid digestion                      29. Vitamin B 12 absorption                      30.Iron absorption and metabolism                       31. Copper absorption                       32. Vitamin D metabolism                       33.Bile acid transport: Enterohepatic pathway                       34. Cholestrol metabolism  35.D-Xylose test  36. Vande Krammer test  37. Breath tests for malabsorption-physiological basis  38. Breath tests for SIBO-physiological basis           39. Intestinal adaptation                D. Pathogenesis                         40. Protein losing enteropathy                         41.Eosinophilic gastroenteritis                        42.Celiac sprue 43. Tropical sprue                         44. Intestinal tuberculosis                         45. SIBO                         46.Short gut syndrome                         47. Radiation enteritis                         48.Indeterminate colitis                         49. Pathogenesis of IBD                E. Microbiology50. Normal gut microbiota51. Lifecycle of parasites52. Bacterial toxins causing diarrhea53. Opportunistic pathogens in HIV patients54.ASCA and ANCA: Role in IBD                 F. Pharmacology55.Probiotics56. ORS-New Vs old; super ORS57.Zinc and its role in small intestinal diseases58. Green banana diet59. Vaccines for intestinal infection60. Enteral nutrition-types and indications61. Immunonutrition62. 10.5-ASA preparation and small intestinal release63. TPMT assay and azathioprine metabolism64. Biologicals in I BD65. Methotrexate  and folic acid                G. Genetics                           66. CARD/ NOD genes                           67. Genetics in IBD/IBD genes -Indian scenario                            68. Lactase genes


Section 4. Large intestine


                    A. Anatomy/ Histology/Embryology1. Anal sphincters 2. Dentate line  3. Rectal folds (Valves of Houston)  4. SRUS-Histopathology 5. Adenomatous polyps- Types and significance 6. Juvenile and hamartomatous polyps                     B. Physiology7. RAIR 8. Fluid handling by intestine 9. Colonic motility10. Defecation-mechanism11. Intestinal fistulas                     C. Biochemistry12. Short chain fatty acids13. Fecal occult blood test- Types, limitations                     D. Pathogenesis14.  Ulcerative colitis15. Pseudomembranous colitis16.  Molecular pathogenesis of colonic cancer17. Amebiasis18. Microscopic colitis 19. Newer concepts in pathogenesis of IBS20. Montreal classification of IBD21. Pathogenesis of pseudo-obstruction


Section 5 . Liver


                      A. Anatomy/Histology/ Embryology1. Hepatocyte2. Cholangiocyte3. Ito cell4. Stellate cell5. Hepatic stem cell6. Kupffer cells7. Hepatitis B- structure and replication8. Hepatitis C –structure and replication9. Hepatitis E- structure10. Hepatic sinusoid11. Venous drainage of liver- importance in Budd Chiari syndrome12. Ligaments of liver, surface anatomy of liver13. Segments of liver 14 .HBV mutants15. IL-28B polymorphism and HCV                        B.Physiology                                     16. Bilirubin metabolism and congenital disorders                                     17. Bile salt metabolism-enterohepatic shunts, congenital disorders                                     18. Liver as an immunological organ                                     19. Ammonia handling in liver, kidney, brain, muscles                                     20. Ethanol metabolism                                     21. Aminoacids- Branched chain : relevance in liver disease                                     22. Urea cycle and congenital defects                                     23. Eneterohepatic Circulation                         C. Pathology                                     24. Necroinflammatory and fibrosis scores                                     25. Pathogenesis of alcoholic liver disease                                     26. NAFLD-Pathogenesis                                     27. Wilson’s disease                                     28. Hemochromatosis                                    29. Glycogen storage disorders                                     30. HCC-molecular pathway                                     31. Hepatic fibrosis- pro and antifibrotic mechanisms                                     32. Hepatic encephalopathy- pathogenesis                                     33. HRS- pathophysiology                                     34. Ascites in liver disease – pathogenic mechanism                                     35. NCPF: pathogenesis                                     36. EHPVO: pathogenic mechanisms                                     37. Pathogenesis of portal hypertension in cirrhosis – role of structural and        functional reasons for portal hypertension                                      38. Pathogenesis of hepato-pulmonary syndrome                                      39. Pathogenesis of ALF                                        40. Endocrine complications in cirrhosis                              D. Microbiology                                                                          41. Genotyping methods                                     42. ELISA                                      43. HBV life cycle                                    44. HCV replicon                                    45. Malarial, enteric, dengue  hepatopathy                                    46. Mechanisms of HBV and HCV related HCC                                    47.HCV and steatosis                                                            E. Pharmacology                                    48. Interferons                                    49 Ribavirin                                    50. Eltrombopag                                    51. Sorafenib                                    52. Nucleoside analogues/nucleotide in HBV therapy                                    53. L-Ornithine L- Aspartate                                    54. Lactulose and other ammonia lowering agents                                    55. Somatostatin analogues                                    56. Role of viral kinetics in HCV treatment                                    57. Role of HBsAg titre in HBV treatment                                    58. Side effects of oral antiviral therapy and its pathogenesis
            
Section 6. Bile duct, Gall bladder and Pancreas


                   A. Anatomy/ histology/ embryology1. Pancreas development- Pancreas divisum, Annular pancreas, Ducts of Morgagani, Santorini2. Choledochal cyst- Todani classification, types3. Lesser sac anatomy-pancreatic pseudocyst4. Sphincter of Oddi 5. Pancreatic stellate cells6. Pancreatic stem cells 7. Pancreas- endocrine functions- Pancreatic neuroendocrine tumors                     B. Physiology                                     8. Bile production- bile acid dependent and -independent mechanisms                                     9. Gallbladder bile Vs duodenal bile- changes incompositon                                   10. Neurohormonal control of pancreatic secretion                                   11. Neurohormonal control of biliary secretion                                   12. Normal pressures in pancreatic and bile ducts                                   13. Pancreatic enzymes- functions and feedback regulation                      C. Pathology                                   14. Microlithiasis                                   15. Gallstone formation- supersaturation, nucleation, gallbladder dysmotility                                   16. Gallstone- types and composition                                   17. Pathophysiology of alcoholic chronic pancreatitis                                   18. Pathophysiology of acute pancreatitis                                   19. Pancreatic malignancy-molecular mechanism                                   20. Cystic neoplasms of pancreas-Difference from pseudocyst                                   21. Autoimmune pancreatitis                                   22. Gallbladder carcinoma- etiopathogenesis                                   23. PSC                                   24. PBC                                   25. Pain in chronic pancreatitis- pathophysiology                      D. Pharmacology                                   26.Octreotide                                   27. Pancreatic enzyme supplements                                   28. Ursodeoxycholic acid                                   29. Statins                                   
                E. Genetics                                   31. Genes in chronic pancreatitis with relevant Indian data                                   32. Genetic polymorphisms in gallstone disease


          

  Section 7.  Miscellaneous
                            1. SiRNA                     2. Genetics of celiac disease                     3. Cannabanoid receptors                     4. Cadherins                     5 . Carcinoids in GI / Carcinoid syndrome                     6.  CMV disease in GI and Liver                     7. Role of Integrins: development of biologics like natalizumab                     8. Wnt: GI Stem cells  B-catemin                     9.  Hedgehog: role in pancreas                    10. EGFR/ receptor tyrosine kinases/  K Ras                    11. IFN signalling: antiviral immunity                    12. Overview  of innate immunity                    13. T cell subsets:  Th1, Th2, Th17                    14. B cells / Eosinophils                    15. TGF B pathway                    16. G Coupled protein receptors                    17. Small  GTPases : Rho/ Rac/ CDC 42                     18. Angiogenesis                                19. GWAS                                20.Transcription factors                                21. Oncogenes                               22.Tumor suppressor genes                                23.Telomerase                                24.  Liver nuclear receptors                                25. Role of Vit D in GI diseases                                26. Apoptosis                                27. Gene therapy in Gastroenterology                                28. Stem cells in Gastroenterology