Das orale Mikrobiom aus Saliva bei Studierenden der Medizin und der Zahnmedizin mittels Next-Generation Sequencing und Bioinfor-matik

Die in dieser Dissertation verwendete Methodik wurde in der Arbeit, die dieser voran-ging, „Taxonomische Untersuchungen des oralen Mikrobioms und dessen Beeinflus-sung durch Ölziehkur mittels Next-Generation Sequencing und Bioinformatik“ (Grießl, 2018) bereits etabliert. Genannte Methodik wurde hier an einer breiten Menge gesun-der Proband:innen angewendet. Durch die anschließende Auswertung konnte so eine Übersicht über das durchschnittliche, orale Mikrobiom erfasst werden. Zur Erstellung eines Abbildes der oralen Durchschnittspopulation wurde die hypervariable Region der 16S rDNA verwendet und mittels NGS aufgeschlüsselt.
In Zukunft könnten weitere Arbeiten folgen, die sich nicht ausschließlich auf das orale Mikrobiom von mundgesunden Proband:innen beziehen, sondern beispielsweise Patient:innen mit Erkrankungen des Mund- und Rachenbereichs betrachten. Diese können im Vergleich mit der hier etablierten Grundpopulation entsprechend aussage-kräftig ausgewertet werden. Hierzu sollte unbedingt das in den letzten beiden Disser-tationen verwendete, standardisierte Verfahren Anwendung finden, um eine möglichst hohe Vergleichbarkeit zu erzielen und methodische Fehler auszuschließen. Besonders über die Verwendung der gleichen Primer und der gleichen Datenbank sollte ein Kon-sens herrschen.
Es wurden insgesamt elf Phyla mit 95 verschiedenen Gattungen nachgewiesen. Es konnte gezeigt werden, dass die zwölf größten Gattungen mehr als 90 % der mo-lekularbiologisch detektierbaren Bakterien ausmachen. 44 Gattungen lassen sich durchschnittlich mindestens einmal je Probe nachweisen und wurden somit dem Core-Mikrobiom zugeordnet, 46 Gattungen finden sich gelegentlich und gehören in Folge dessen zum variablen Anteil des Mikrobioms.
Die wohl größten Erkrankungsbilder der Zahnmedizin sind Parodontitis und Kari-es. Es handelt sich um multifaktorielle Erkrankungen mit Plaqueassoziation. Pati-ent:innenpopulationen dieser Erkrankungen sind für zukünftige Betrachtungen interes-sant. Wie stellen sich oben aufgeführte Daten im Krankheitsfall dar? Lassen sich bei verschiedenen Personen mit gleicher Erkrankung die gleichen mikrobiellen Verschie-bungen nachweisen? Welcher Unterschied besteht zu mundgesunden Proband:innen?
Beachtung sollten zukünftig zudem jene Parameter finden, die sich bei dieser Dissertation als mikrobiombeeinflussend dargestellt haben. Beispielhaft ist hier die Antibiotikaeinnahme nennenswert.
Mögliche Zukunftshypothesen sind an dieser Stelle nur sehr vage zu formulieren. Am Ende weiterer Forschungen könnten mögliche neue Wege der Diagnostik oder sogar neuartige Therapieansätze von bereits bekannten Erkrankungen stehen. The methodology used in this doctoral dissertation was already established in the pre-vious work “Taxonomische Untersuchungen des oralen Mikrobioms und dessen Beein-flussung durch Ölziehkur mittels Next-Generation Sequencing und Bioinformatik” (Grießl, 2018). This method was applied in this dissertation. Using the following evalu-ation, a summary of the average oral microbiome was acquired. The hypervariable region of the 16S rDNA was applied and analysed with NGS in order to create a re-flection of the average oral population.
Further research work which doesn’t discuss the microbiome of orally healthy subjects, but patients with oral diseases, may follow in the future. By comparing said research with the already established average population significant results can be achieved. The standartised procedures discussed in the two dissertations should defi-nitely be used again in order to achieve the highest comparability possible and to elim-inate methodical errors. Here it is very important not to change the primers or the da-tabase.
A total of eleven phyla with 95 different genera were detected. It could be shown that the twelve largest genera make up more than 90% of the bacteria that can be molecular detected. 44 genera can be detected at least once per sample and were thus assigned to the core microbiome, 46 genera are found occasionally and conse-quently belong to the variable part of the microbiome.
The most popular diseases that would be interesting for further research are parodontitis and caries. Both are multifactorial illnesses associated with plaque. As plaque or oral biofilm primarily originates in certain oral bacteria every difference is important and interesting especially compared to orally healthy patients.
How do the above data look like in the event of illness? Can the same microbial shifts be detected in different people with the same disease? What is the difference to healthy subjects?
Furthermore, parameters that affected the microbiome in this dissertation should also be considered, exemplary the taking of antibiotics in particular.
Right now, giving future prospects is only vaguely possible. Further research work eventually could show new ways of diagnostic or even new therapeutic methods for well-known diseases.