SHsearch. A Method for Fast Remote Homology Detection (eBook)
23 Seiten
GRIN Publishing (Verlag)
978-3-668-53448-3 (ISBN)
In this paper, we introduce SHsearch: a new method for remote protein homology detection. Our method is implemented as a modification of HHsearch: a remote protein homology detection method based on comparing two profile HMMs. The motivation for modification was to reduce the run time of HHsearch significantly with minimal sensitivity loss. SHsearch focuses on comparing the important submodels of the query and database HMMs instead of comparing the complete models. Hence, SHsearch achieves a significant speedup over HHsearch with minimal loss in sensitivity. On S C O P 1.63, SHsearch achieved 88x speedup with 8.2% loss in sensitivity with respect to HHsearch at an error rate of 10%, which is deemed to be an acceptable tradeoff.
Erscheint lt. Verlag | 26.9.2017 |
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Verlagsort | München |
Sprache | englisch |
Themenwelt | Mathematik / Informatik ► Mathematik ► Statistik |
Mathematik / Informatik ► Mathematik ► Wahrscheinlichkeit / Kombinatorik | |
Schlagworte | biological sequence classification • hidden Markov models • HMM DNA Statistics |
ISBN-10 | 3-668-53448-9 / 3668534489 |
ISBN-13 | 978-3-668-53448-3 / 9783668534483 |
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