Einführung in Perl für Bioinformatik

Am Vormittag Elektrophorese-Gele aufsetzen und am Nachmittag ein
Programm zur Auswertung von BLAST-Ergebnissen schreiben -- so
ähnlich sieht inzwischen der Arbeitsalltag nicht weniger Biologen
aus. Programmierung ist eine wichtige neue Qualifikation für die
Arbeit im Labor geworden, ohne die man der rasant wachsenden Menge
biologischer Daten nicht mehr Herr werden könnte. Und viele
Routineaufgaben ließen sich ohne Computerskripten nicht mehr
effizient erledigen.
Perl ist die in der Bioinformatik am meisten verwendete Programmiersprache,
unter anderem wegen ihrer Stärken bei der String-Behandlung, Mustererkennung
und Textbearbeitung und beim Verbinden von Prozessen. Perl zu lernen,
gestaltet sich allerdings für viele Biologen als eine echte Herausforderung,
weil die Standardwerke zu Perl Informatikwissen voraussetzen und eher
theoretisch sind.
Einführung in Perl für Bioinformatik ist eine praxisorientierte
Programmiereinführung speziell für Biologen ohne Vorkenntnisse.
Es stellt viele Perl-Programme und Techniken vor, die im Labor sofort
sinnvoll eingesetzt werden können. Die einzelnen Kapitel konzentrieren
sich auf jeweils ein Problem bzw. eine Gruppe von Problemen der
Bioinformatik und beschreiben, wie man diese mit Perl löst. Mit vielen
Programmbeispielen, Übungen und ausgearbeiteten Lösungen zeigt der Autor
Schritt für Schritt, wie man mit Perl programmiert.
Einführung in Perl für Bioinformatik behandelt unter anderem:
Grundlagen der Programmierung
Arbeiten mit DNA-Sequenzen und Strings
Debugging von Code
Simulation von Genmutationen mit Hilfe von Zufallszahlengeneratoren
Reguläre Ausdrücke und Motivsuche in Daten
Arrays, Hashes und relationale Datenbanken
Reguläre Ausdrücke und Restriktionskarten
Parsen von PDB-Records, GenBank-Annotationen und BLAST-Ausgaben
Die Programmbeispiele und die Lösungen zu den Übungen in diesem Buch
können Sie von unserer Website herunterladen.