Die deutschen mittelalterlichen Handschriften
Es handelt sich um 100 vorwiegend reine Text- und Gebrauchshandschriften. Artes-Literatur und geistliche Prosa, Rechtsbücher (Goldene Bulle, oberbairisches Landrecht, mehrere Schwabenspiegeltexte, Stadtrecht Augsburg), Kalender, Kochbücher, ein Jagdbuch, medizinische und naturwissenschaftliche Texte. Die meisten Codices stammen aus der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts. Einzugsgebiet ist vor allem Altbayern, Franken und Schwaben, dazu kommen einige mitteldeutsche und niederländische Texte. Ganz besonders zu erwähnen ist das Hausbuch Michael de Leones (um 1350) mit seiner reichen Überlieferung mittelhochdeutscher Literatur.
Die lateinischen mittelalterlichen Handschriften
Der Teilbestand der Foliohandschriften umfaßt etwa 230 Nummern vorwiegend süddeutscher Provenienz und zu mehr als der Hälfte theologischen Inhalts (vielfach aus dem Kreis der Wiener Universität). Daneben findet sich eine beachtenswerte Anzahl von Codices italienischer Herkunft sowie einige französische und böhmische. Nennenswert vertreten sind juristische Texte (u.a. mehrere Formelsammlungen und Vorlesungsabschriften aus Padua) sowie philosophische und naturwissenschaftliche, vornehmlich aus Italien. Besonders hervorzuheben sind das Evangeliar aus der Hofschule Karls des Großen in Unziale, ein Euklid-Fragment aus Nordfrankreich (um 800), Akten des Konstanzer Konzils, ein Corpus von Texten der Kölner Albertistenschule, ein Sammelband mit über 200 Briefen und Reden des 15. Jahrhunderts aus dem Gebiet Venedigs sowie Autographen von Johannes Eck. Aufgenommen wurde auch die einzige griechische mittelalterliche Handschrift der Bibliothek, ein kommentiertes Evangeliar aus dem 10. Jahrhundert.
Die rund 100 Oktav-Handschriften sind vor allem spätmittelalterliche Bände.
Für das 15. Jahrhundert sind hervorzuheben aus Flandern ein illuminiertes Stundenbuch sowie ein Gebetbuch, aus Florenz ein Boccaccio-Text und eine Tribull-Properz-Ovid-Handschrift. Zwei Drittel der Oktav-Handschriften stammen aus dem Franziskanerkloster Landshut. Sie sind überwiegend theologischen Inhalts, darunter mehrere Ordensregelbücher.
An Quarthandschriften sind rund 140 vorhanden. Sie umfassen alle mittelalterlichen Wissensgebiete: astronomisch-naturwissenschaftliche, medizinische, grammatische (u.a. Hebraica) und rhetorische, theologische und philosophische, juristische und historische Texte, antike Autoren und Humanistica. An herausragenden Einzelstücken sind erwähnenswert Texte von Rufinus, Sulpicius Severus und Augustinus (8./9. Jh.), von Cicero (10./11. Jh.), das Würzburger Psaltarium (um 1200), Briefe von Conrad Celtis, der Ingolstädter Bibliothekskatalog von 1505 sowie wiederum Handschriften aus dem Besitz von Johannes Eck, insbesondere ein Autograph von 1510 mit geographischen und cosmographischen Aufzeichnungen aus seiner Freiburger Zeit.
Die Musikhandschriften
Die Mikrofiche Edition umfaßt den Gesamtbestand an Musikhandschriften der Universitätsbibliothek München: 42 mittelalterliche und 26 neuzeitliche. Mehrere Stimmbücher und ein Sammelband des 13. Jahrhunderts aus dem Besitz des Humanisten und Musiktheoretikers Heinrich Glarean sind hervorzuheben. Bedeutsam ist außerdem eine Reihe von Choralhandschriften aus süddeutschen Klöstern, besonders aus dem Dominikanerkloster Landshut, den Benediktinerklöstern Tegernsee und Ebersberg, dem Prämonstratenserkloster Schäftlarn, dem Augustiner-Chorherrenstift Moosburg (Moosburger Graduale, um 1355), sowie dem Brigittenkloster Altomünster.