"Im Untergrund" erzählt die Geschichte eines Aktivisten, der seine Karriere dem kompromisslosen Kampf für Tierrechte opfert und schließlich vor juristischer Verfolgung untertauchen muss. In spannenden Szenen dokumentiert der Roman gleichzeitig die mörderischen Auseinandersetzungen um Tierrechte im England der 1980er- und 1990er-Jahre.
Paul ist 25 Jahre alt, als er ins englische Cambridge kommt, um dort an einer der renommiertesten Universitäten der Welt zu forschen. Noch am Tag seiner Ankunft geht er zu einer öffentlichen Podiumsdiskussion über "Animal Warfare Versus Animal Welfare" und schließt sich danach einer Tierrechtsgruppe mit Namen "Animal Rights Cambridge" an. Mit seinen neuen Mitstreitern besetzt er ein Physiologie-Institut, um Tierversuche an Schweinen zu verhindern. Von diesem Moment an gerät Paul in den Sog des Aktivismus für Tiere und beginnt, seine eigene Einstellung Tieren gegenüber zu hinterfragen. Heimlich des Nachts gedrehte Aufnahmen in Tierfabriken machen ihm klar: Fleisch kann er nicht mehr essen. Er wird vegetarisch und kurz darauf vegan.
Von der Wissenschaft entfernt sich Paul zunehmend. Stattdessen findet er als begeisterter Bergsteiger bald seine Nische in der Tierrechtsbewegung: die Jagdstörungsaktionen der "Hunt Saboteurs Association". Dabei wird er Augenzeuge, wie ein Jäger einen Tierrechtsaktivisten ermordet. Die Hoffnung auf Gerechtigkeit zerbricht am Prozess gegen den Täter. Der Mord sei ein Unfall gewesen, lautet das Urteil. Paul muss sich entscheiden: Entweder er steigt nun aus der Tierrechtsszene aus und bleibt seiner akademischen Karriere treu, oder er taucht in die Bewegung ein und radikalisiert sich. Er entscheidet sich für Letzteres.
In den nächsten Jahren kommt es zu zahlreichen Tierbefreiungsaktionen, Blockaden und Besetzungen. Bei der "Battle of Stagden Cross" wird Paul erstmals festgenommen und über Nacht in eine Polizeizelle gesperrt. Nach einer fehlgeschlagenen Befreiung von Katzen aus Versuchslabors landet er für zwei Wochen in Untersuchungshaft. Auf Kaution entlassen, geht er in den Untergrund. Doch die juristische Schlinge zieht sich immer enger, mittlerweile wird wegen acht Delikten nach ihm gefahndet, einige Hausdurchsuchungen kommen seinem Aufenthaltsort gefährlich nahe …