Coarse-Grained Modelling of DNA and DNA Self-Assembly - Thomas E. Ouldridge

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Coarse-Grained Modelling of DNA and DNA Self-Assembly (eBook)

Thomas E. Ouldridge (Autor)

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2012 | 2012
XII, 176 Seiten
Springer Berlin (Verlag)
978-3-642-30517-7 (ISBN)

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This thesis presents a novel coarse-grained model of DNA, in which bases are represented as rigid nucleotides. The model is shown to quantitatively reproduce many phenomena, including elastic properties of the double-stranded state, hairpin formation in single strands and hybridization of pairs of strands to form duplexes, the first time such a wide range of properties has been captured by a coarse-grained model. The scope and potential of the model is demonstrated by simulating DNA tweezers, an iconic nanodevice, and a two-footed DNA walker - the first time that coarse-grained modelling has been applied to dynamic DNA nanotechnology.

A Novel DNA Model.- Methods.- Finite Size Effects.- Structural and Mechanical Properties of Model DNA.- Thermodynamic Properties of Model DNA.- Modelling DNA Tweezers.- Modelling a DNA Walker.

Erscheint lt. Verlag	9.7.2012
Reihe/Serie	Springer Theses
Zusatzinfo	XII, 176 p.
Verlagsort	Berlin
Sprache	englisch
Themenwelt	Naturwissenschaften ► Biologie
	Naturwissenschaften ► Physik / Astronomie
	Technik
	Wirtschaft
Schlagworte	Biological Motors • Coarse Grained Molecular Simulation • DNA nanotechnology • DNA Tweezers • DNA Walker • molecular self-assembly • Monte Carlo Algorithms
ISBN-10	3-642-30517-2 / 3642305172
ISBN-13	978-3-642-30517-7 / 9783642305177

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Größe: 3,9 MB

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