Grundlagen der Bioinformatik und der EMBOSS suite

= Grundlagen der Bioinformatik und der EMBOSS suite =

== Über das Produkt ==

Eine audiovisuelle Einführung in die wichtigsten Themen der Bioinformatik, gestützt durch praktische Beispiele. Alle Beispiele können ohne weiteres Vorwissen im EMBOSS Frontend wEMBOSS nachvollzogen werden. Gesamtlaufzeit: 2 Stunden und 12 Minuten

== Kurzbeschreibung ==

Wissen und Anwendung in einem Paket: Die Bioinformatik eLearning Tutorials bieten gut verständliches Wissen und mithilfe des mächtigen EMBOSS live Systems kann dieses direkt in die Praxis umgesetzt werden.

Es werden basale Themen der Bioinformatik behandelt. Diese reichen von einem Überblick über die verschiedenen Methoden und Algorithmen des Sequence Alignments, des database searching bis zum Aufbereiten von Publikationsmaterialien. Für die Screencast Teile dieser Tutorials wurde in die mächtige Bioinformatik Software Suite EMBOSS eingeführt. Die besten Lernerfolge werden erzielt, wenn Beispiele unmittelbar nachvollzogen werden. Deshalb wird durchwegs das EMBOSS Frontend wEMBOSS verwendet, für welches Nutzer dieser Tutorials einen Online-Zugang erhalten.

!In weiterer Folge wird ein EMBOSS Live-System erscheinen, womit direkt auf dem eigenen Computer ohne Vorwissen sofort losgelegt werden kann. Ein Gutschein zur kostenlosen Bestellung liegt bei!

== Inhalt der Reihe ==

=== Bioinformatics Basics ===

Ein Überblick über die Geschichte der Bioinformatik. In Folge wird basale Theorie zum Verstehen der weiteren Videos dieser Reihe gegeben.

1) Was versteht man unter Bioinformatik?
2) Die Geschichte der Bioinformatik
3) Algorithmen und die Bioinformatik
4) Scoring Matrices

=== Using Bioinformatics Databases ===

Eine Einführung in die Verwendung modernen Bioinformatik Datenbanken und ihrer Interfaces. Es behandelt das Problem, wie man von einer spezifischen Fragestellung zur derzeit bekannten Information kommt. Der Fokus liegt am Entrez Suchsystem und dem Ensembl Projekt, welche die Möglichkeit bieten, die gewünschte Information aus den gewaltigen Mengen an Daten zu filtern.

1) Einleitung
2) Suchen, betrachten und beschaffen von Sequenzen
3) Gen zentrierte Information
4) Genom Browser

=== The EMBOSS Suite and the wEMBOSS Frontend ===

Dieses Tutorial gibt einen Überblick über die EMBOSS Suite und welche Aufgaben mit dieser erfüllt werden können. Danach wird das wEMBOSS Web-Frontend in einem detaillierten Kurs eingeführt und gezeigt wie verschiedene lokale und entfernte Datenbanken innerhalb wEMBOSS genutzt werden können.

1) Die wEMBOSS Suite
2) Das Frontend wEMBOSS
3) wEMBOSS Bedienung

=== Dot Plot and the EMBOSS Suite ===

Es werden die Prinzipien eines Dot Plots beschrieben. Dot Plots sind nützlich um Insertionen, Deletionen, repetitive Elemente, inverted repeats und Sekundärstrukturen von Nukleinsäuren vorher zu sagen. Die Methode eignet sich ideal, um sich einen ersten Überblick zu verschaffen. Nach einer kurzen Einleitung wird gezeigt, wie man Dot Plots in wEMBOSS verwirklicht.

1) Einleitung
2) Dot Plots mit wEMBOSS

=== Dynamic Programming and the EMBOSS Suite ===

Dieses Tutorial zeigt, weshalb dynamic programming unerlässlich für den Vergleich von Sequenzen ist. Es führt zur Ermittlung des optimalen Alignments. Nach der allgemeinen Einleitung wird beschrieben, wie man pairwise sequence alignments mit wEMBOSS durchführt.

1) Einleitung
2) Global Alignment mit wEMBOSS
3) Local Alignment mit wEMBOSS

=== Multiple Sequence Alignment and the EMBOSS Suite ===

Multiple Sequence Alignments (MSA) sind das “Schweizer Taschenmesser” der Bioinformatik. Sie eignen sich, um Protein Strukturen und Funktionen vorher zu sagen und sind unerlässlich für phylogenetic prediction. Konsensus Sequenzen, die aus MSAs erstellt werden, eignen sich zum Aufspüren ähnlicher Proteine und um Primer zu designen. Nach einer kurzen Einleitung zeigt das Tutorial, wie MSAs in wEMBOSS durchgeführt werden.

1) Einleitung
2) Global Multiple Sequence Alignment mit wEMBOSS
3) Local Multiple Sequence Alignment mit wEMBOSS
4) Darstellung eines MSA mit wEMBOSS

=== Phylogenetic prediction and the EMBOSS Suite ===

Phylogenetik enthüllt Näheres zur Evolution. Sie ist ebenfalls wichtig, um die Funktion eines Genes vorher zu sagen und seine Entwicklung in der Evolution zu reproduzieren. Nach einer kurzen Einleitung wird an einem Beispiel gezeigt, wie man Phylogenetik mit wEMBOSS betreibt. EMBOSS hat einen wrapper für das am weitesten benutzte und mächtigste phylogenetic prediction tools PHYLIP.

1) Einleitung
2) Bootstrapping zum prüfen eines Stammbaumes
3) Vorbereiten der Sequenz
4) Phylogenetic prediction mit EMBOSS
5) Den Baum in EMBOSS mit bootstrapping prüfen

=== Database Searching ===

Für das Durchsuchen von Sequenzdatenbanken werden wegen ihrer Größe spezielle Suchstrategien benötigt. Um diese Herausforderungen zu bewältigen, wurden und werden heuristische Algorithmen wie BLAST und FASTA entwickelt. Dieses Tutorial gibt ein basales Verständnis dieser Strategien und zeigt, wie man BLAST benützt, um zu finden, was man sucht.

1) Einleitung
2) Datenbanksuche allgemein
3) Suchstrategien
4) Benutzung von BLAST

=== Editing, Publishing and Display of Bioinformatics stuff with EMBOSS and others ===

Ein Tutorial über das Editieren und Publizieren von Bioinformatik Outputs von Programmen wie EMBOSS. Ebenfalls schafft es ein Verständnis über Dateiformate im Allgemeinen. Alle Probleme wurden mit Open Source Software gelöst, sodass alle Lösungen ohne Kosten nachvollzogen werden können.