Entwicklung molekularer Marker zur präzisen Klassifikation von mesenchymalen Tumoren

Sarkome sind maligne Tumoren des Weichgewebes und des Knochens. In der aktuellen WHO Klassifikation für Tumoren des Weichgewebes und des Knochens werden mehr als 100 verschiedenen Subtypen unterschieden. Häufig lässt sich die Liniendifferenzierung von Sarkomen bei zunehmendem Malignitätsgrad und damit einhergehender Entdifferenzierung nicht mehr eindeutig durch konventionelle Methoden wie Histologie oder Immunphänotypisierung nachweisen. Im diagnostischen Alltag des Pathologen können die Differentialdiagnose von Knochen- und Weichteilsarkomen somit sehr herausfordernd sein. Studien belegen eine hohe Rate von inkorrekt klassifizierten Sarkomen. Die Differenzierung einer Zelle wird maßgeblich über die Expression von Genen gesteuert. Die Genexpression wird wiederum von epigenetischen Modifikationen unserer Erbinformation moduliert. Dementsprechend ist das epigenetische Profil einer Zelle gewebeabhängig und zudem bemerkenswert stabil. In Tumoren ist die Methylierung besonders in der Promotorregion von Genen stabil. Diese Information lässt sich bereits diagnostisch nutzen.
Auf diesem Prinzip aufbauend haben wir mit der Analyse von DNA-Methylierungsprofilen prototypischer Sarkome begonnen. Es erkennt 59 verschiedene Subtypen anhand ihres epigenetischen Fingerabdrucks. Methylierungsprofile können mit diesem Referenzdatenset verglichen werden. Auf den zugrunde liegenden Subtyp kann immer dann rückgeschlossen werden, wenn das individuelle Tumorprofil mit einem der 59 epigenetischen Fingerabdrücke übereinstimmt.
Zusammengefasst liefert der epigenetische Fingerabdruck eines Tumors wertvolle Zusatzinformationen.