Bioinformatik

1 Einstieg in die Sequenzanalyse.- 2 Primäre Datenbanken.- 2.1 Genbank.- 2.2 EMBL.- 2.3 DDBJ.- 2.4 Nicht-redundante primäre Datenbanken.- 3 Einfache Alignments.- 3.1 Substitutionsmatrizen.- 3.1.1 PAM-Matrizen.- 3.1.2 BLOSUM-Matrizen.- 3.2 Dotplot.- 3.2.1 Fenster-Methode als Dotplot-Filter.- 3.2.2 Wort-Methode als Dotplot-Filter.- 3.3 Das globale Alignment.- 3.4 Das lokale Alignment.- 3.4.1 Lokales Alignment von Protein- mit Nukleotidsequenzen.- 4 Heuristische Methoden zum Sequenzvergleich.- 4.1 FASTA.- 4.1.1 Suchalgorithmus.- 4.1.2 Besondere Formen von FASTA.- 4.2 BLAST.- 4.2.1 Suchalgorithmus.- 4.2.2 Bit Score und E-Wert.- 4.2.3 Besondere Formen von BLAST.- 4.2.4 PSI-BLAST.- 4.2.5 PHI-BLAST.- 5 Multiple Alignments.- 5.1 Globale multiple Alignments.- 5.1.1 Progressives Alignment nach Feng & Doolittle.- 5.1.2 CLUSTAL W.- 5.1.3 Divide and Conquer — simultanes Alignment.- 5.2 Lokale multiple Alignments.- 5.2.1 Block Maker.- 5.3 Darstellung des multiplen Alignments.- 6 Phylogenetische Analysen.- 6.1 Topologie phylogenetischer Bäume.- 6.2 Methoden zur Berechnung.- 6.2.1 Berechnung von Distanzbäumen.- 6.2.2 Das Parsimony-Prinzip.- 6.2.3 Bootstrapping — Bewertung der Bäume.- 6.2.4 Maximum Likelihood Bäume.- 7 Abgeleitete Datenbanken.- 7.1 Motiv-Datenbanken.- 7.1.1 PROSITE — Muster von Proteinen.- 7.1.2 PRINTS — Fingerabdrücke von Proteinen.- 7.1.3 PFAM.- 7.1.4 InterPro.- 7.2 Datenbanken für Stoffwechselwege.- 7.2.1 ENZYME — Nomenklatur-Datenbank.- 7.2.2 BRENDA.- 7.2.3 KEGG.- 7.3 Vorhersage-Datenbanken.- 7.3.1 CBS.- 7.3.2 PredictProtein.- A Glossar.- B Weblinks.