Systems Biology in Practice (eBook)

Edda Klipp (born 1965) studied biophysics at the Humboldt University Berlin, receiving her PhD in theoretical biophysics. Since 2001 she has been head of the Kinetic Modeling Group. A member of the Yeast Systems Biology Network, her research interests include mathematical modeling of cellular systems, signal transduction, systems biology, and text mining. Ralf Herwig (born 1967) studied mathematics and physics at the TU Berlin and Free University Berlin and wrote his PhD on statistical clustering methods. He has been a group leader in bioinformatics since 2001 and works on several projects covering genomics, proteomics and systems biology. Axel Kowald (born 1963) holds a PhD in mathematical biology from the National Institute for Medical Research, London. He has worked at the University of Manchester, the Institute for Advanced Studies in Budapest, and the Humboldt University Berlin. His current research interests focus on the mathematical modeling of processes involved in the biology of aging and systems biology. Christoph Wierling (born 1973) studied biology at the University of Münster, graduating in 1999. Currently he is working as a PhD student on the modeling and simulation of biological systems and the development of computational tools for systems biology. Hans Lehrach (born 1946) studied chemistry in Vienna and Braunschweig, receiving his PhD from the Max Planck Institute for Experimental Medicine. He is director of the MPI for Molecular Genetics and was spokesman for the German Human Genome. Among others, he is a member of EMBO, on the project committee of the National Genome Research Network, and a fellow of the American Association for the Advancement of Science. His research interests focus on functional genomics, technology development and systems biology. All the authors currently work at the Max Planck Institute for Molecular Genetics in Berlin.

Introduction

FIRST PART: GENERAL INTRODUCTION
Some Basic Principles
Biology in a Nut Shell
Mathematics in a Nut Shell
Experimental Techniques in a Nut Shell

SECOND PART: STANDARD MODELS AND APPROACHES IN SYSTEMS BIOLOGY
Metabolism
Signal Transduction
Special Biological Processes
Modeling of Gene Expression
Analysis of Gene Expression and Gene Network Reconstruction
Self-Organization and Evolution
Data Integration
What's next?

THIRD PART: COMPUTER-BASED INFORMATION RETRIEVAL AND EXAMINATION
Databases and Tools on the Internet
Modelling Tools

Glossary

"This is a timely volume that should be welcomed both by practising systems biologists and by newcomers to the field. ... I expect to consult it regularly over the foreseeable future, and I am confident that biologists everywhere will benefit from having a copy to hand."
Theoretical Biology and Medical Modelling

"The authors manage to cover an astoundingly wide range of topics and to present the great potential of systems biology to the reader. The first introductory part makes it an ideal book for researchers from neighbouring disciplines, who benefit from the compact and clearly written basics in biology and mathematics. But the main area of application will be as textbook for the growing number of students interested in bioinformatics, systems biology and theoretical biology. With its 14 chapters, 450 pages and many diagrams and examples it provides plenty of material for lecturing."
Arzneimittel-Forschung/Drug Research

"...a useful book, which combines in comprehensible form, the basic principles with advanced studies of the subject material."
Carbohydrate Polymers

"Insgesamt wird...von den Autoren ein für Studierende und fortgeschrittene Wissenschaftler sehr nützliches Buch vorgelegt. Die Anregungen über die Wahl und Bewältigung von Versuchen und Modellen in der Zellbiologie, die mathematischen Berechnungs- und Bewertungsgrundlagen sowie die optimierte Ausnutzung des Internet sind sehr wertvoll. Kein Buch für Anfänger!"
Umwelt & Gesundheit

"Das vorliegende Werk... stellt eine umfassende Einführung in das sich rasch entwickelnde Forschungsgebiet der Systembiologie dar...Wie in dem Geleitwort von H. Kitano näher ausgeführt ist, haben die Autoren mit Erfolg ein Werk vorgelegt, in dem vielfältige Aspekte der Biologie und der Computerwissenschaften zu einem Lehrbuch der Systembiologie zusammengeführt worden sind. Diesem Lehrbuch ist weite Verbreitung zu wünschen."
Chemie in Labor und Biotechnik (CLB)

"Im Großen und Ganzen sind die Kapitel des Buches, ungeachtet der komplexen Materie, verständlich verfasst, die Illustrationen im Text, die teilweise mehrfarbig sind, werden als hilfreich empfunden. Das Buch stellt relative hohe Ansprüche an die Vorbildung der Leserschaft, es ist daher in erster Linie für fortgeschrittene Studierende der Biologie, Biochemie oder Bioinformatik sowie Wissenschaftler in dieses Disziplinen zu empfehlen. Darüber hinaus sollte es in keiner Institutsbibliothek der erwähnten Fachrichtungen fehlen." biologen heute

"...eine gut lesbare Einführung in das Gebiet der Systembiologie, die es durch immer wiederkehrende Ausflüge in die Grundlagen des jeweiligen Kapitels leicht macht, dem Stoff zu folgen."
Nachrichten aus der Chemie

"Dieses Buch sollte heute in keiner modern aufgestellten biologisch/biochemisch orientierten Arbeitsgruppe mehr fehlen und auch ein moderner biologischer Unterricht sollte die Prinzipien der Systembiologie vermitteln. So geht dieses Buch weit über den Status eines Teilinventars einer biologischen Bibliothek hinaus und ist allen empfohlen, die sich mit Lifesciences beschäftigen." Pharmazie in unserer Zeit

"Dieses Buch sollte heute in keiner modern aufgestellten biologisch/biochemisch orientierten Arbeitsgruppe mehr fehlen, und auch ein moderner biologischer Unterricht sollte die Prinzipien der Systembiologie vermitteln. So geht dieses Buch weit über den Status eines Teilinventars einer biologischen Bibliothek hinaus und ist allen empfohlen, die sich mit Lifesciences beschäftigen." Die Pharmazie